แต่ละตอนจะเกิดปัญหาต่างๆ ที่มาจากเพื่อนเณรในวัดอังโกะกุ (ญี่ปุ่น: 安国寺 Ankokuji ?) คือ ชูเน็นซัง จินเน็นซัง เท็ซไซซัง และเทะสึไบซัง หรือที่โชกุนอาชิคางะ โยชิมิสึ กับคิเคียวยะซัง เจ้าของร้านขายของชำในละแวกวัด ร่วมกับลูกสาว ทั้งจากวิธีที่ตั้งใจกลั่นแกล้งเล่นๆ(อำ) คำถามทดลองเชาว์ปัญญา เหตุสุดวิสัย หรืออื่นๆ แต่อิคคิวก็ใช้วิธีการนั่งสมาธิเพื่อให้เกิดปัญญา และแก้ไขสถานการณ์ไปได้ทุกครั้ง โดยก่อนจะนั่งสมาธิ อิคคิวซังจะมีคำพูดประจำว่า ใช้’หมอง นั่ง’มาธิ และโชกุนก็ยังสั่งการให้ซามูไรชินเอมอน ซึ่งเป็นผู้ตรวจการ เฝ้าติดตามอิคคิวซังไปทุกที่ ราวกับเป็นองครักษ์ส่วนตัว โดยอิคคิวซัง เพื่อนเณร และซาโยจัง เด็กหญิงที่อาศัยอยู่บริเวณวัด จะเรียกว่า ชินเอมอนซัง

ที่มาที่ไปของเนื้อเรื่อง เณรน้อยเจ้าปัญญา อ้างอิงถึงประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น โดยย้อนกลับไปในช่วงยุคเฮอัง ใน ค.ศ. 794 จักรพรรดิญี่ปุ่น ได้จัดให้มีโชกุน เป็นตำแหน่งของนายทหารใหญ่ ปฏิบัติหน้าที่เป็นอำมาตย์ใหญ่ช่วยในการปกครองประเทศ แต่ต่อมา ในยุคคะมะกุระ จักรพรรดิกลับดูเหมือนเป็นเพียงหุ่นเชิดของโชกุน ใน ค.ศ. 1333 จึงมีการฟื้นฟูระบบจักรพรรดิ ทำให้จักรพรรดิกลับมามีอำนาจอีกครั้ง แต่ใน ค.ศ. 1336 ก็เข้าสู่ยุคมุโระมะจิ นายทหารเข้าปราบปรามชนชั้นปกครอง แล้วก่อตั้งรัฐบาลโชกุน ขึ้นปกครองประเทศในรูปแบบเผด็จการทหารตั้งแต่บัดนั้นจนกระทั่ง ค.ศ. 1868 เมื่อเข้าสู่ยุคเมจิ ตำแหน่งโชกุนถูกยกเลิก จักรพรรดิมีอำนาจในฐานะประมุขอีกครั้ง

การ์ตูนเรื่องนี้ กล่าวถึงเหตุการณ์ในช่วงต้นของยุคมุโระมะจิ หลังจากตั้งรัฐบาลโชกุนขึ้นแล้ว โชกุนโยชิมิทสึ ต้องการความมั่นคงในอำนาจ จึงออกคำสั่งให้โอรสของพระจักรพรรดิองค์ก่อนไปเข้าพิธีบวชตลอดชีวิต (แต่พระอิกคิวตัวจริง บวชเพราะเป็นพระราชโอรสของพระมเหสีนอกสมรสของจักรพรรดิ และถูกพระมเหสีจากราชสำนักกลั่นแกล้ง) เชงกิโกมารุ พระราชโอรสจึงต้องไปบวชเณรขณะที่ยังเล็ก โดยได้รับสมญาว่า อิกคิว แต่ด้วยจิตใจที่บริสุทธิ์ จึงไม่มีความเคียดแค้นโชกุน (ซึ่งได้ชิงอำนาจจักรพรรดิอันชอบธรรมไปจากอิคคิว) นอกจากนี้โชกุนโยชิมิทสึและอิกคิวยังเป็นมิตรที่ดีต่อกันในเวลาต่อมาด้วย