Masaru ปีที่สองนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นและนักสู้ข้างถนนที่ไม่พ่ายแพ้กำลังจะเรียนรู้ความหมายของคำว่า "การทำงานเป็นทีม" หลังจาก Agumon หนี DATS ซึ่งเป็นองค์กรที่เกี่ยวข้องกับ Digimon จะต่อสู้กับ Masaru เร็ว ๆ นี้ Yoshino และ Lalamon มาจับ Agumon และทั้งสองหนีนักสู้ หลังจากที่เอกวาดอร์ชั่วร้ายปรากฏขึ้นมามันขึ้นอยู่กับ Masaru และ Agumon เพื่อเอาชนะ DNA Charge ด้วย

ในไม่ช้า Masaru ต้องเข้าร่วม DATS เพื่อยุติ Digimon ลงมายัง Earth ด้วยความช่วยเหลือของ Yoshino, Ikuto และ Touma กลุ่มต้องหยุด Digimon ชั่วร้ายที่ปรากฏขึ้นและนำพวกเขากลับสู่ Digital World

แต่ทุกอย่างไม่เป็นไปตามที่วางแผนไว้ ...