โลกดิจิทัลกำลังอยู่ในภาวะสงครามกับกองทัพ Bagra ที่ชั่วร้ายพยายามรวบรวมเศษของ Code Crown ใครก็ตามที่สามารถรวบรวมเศษชิ้นส่วนทั้งหมด 108 ชิ้นจะกลายเป็นกษัตริย์ของ Digital World กลุ่มคนชั่วร้ายของ Digimon หรือที่เรียกว่า Bagra Army ได้รับมอบหมายให้เข้าร่วมใน Code Crown

Digimon Xros Wars ประกอบไปด้วย Taiki Kudou นักสยองขวัญที่รักฟุตบอลซึ่งมักจะออกไปข้างนอกเพื่อช่วยเหลือผู้ที่ต้องการ เมื่ออยู่กับเพื่อนของเขา Akari Hinomoto และ Zenjirou Tsurugi วันหนึ่งเขาได้ยินเสียงเรียกขอความช่วยเหลือ เขาได้พบกับ Digimon ชื่อ Shoutmon ที่ได้รับบาดเจ็บอย่างรุนแรงในบริเวณใกล้เคียง การใช้พลังของอุปกรณ์แปลก ๆ ที่เรียกว่า Xros Loader ทำให้ Taiki สามารถช่วยชีวิต Shoutmon ได้ แต่ก็ถูกดึงเข้าไปใน Digital World ควบคู่ไปกับ Akari และ Zenjirou

มุ่งมั่นที่จะไม่ปล่อยให้ชั่วร้าย Bagra มีวิธีการของพวกเขา Taiki และเพื่อนของเขาร่วมกับ Shoutmon และ Digimon ท้องถิ่นอื่น ๆ ในการสร้างกองทัพของตัวเองที่รู้จักกันเป็น Xros Heart ตอนนี้ Xros Heart ต้องต่อสู้ทาง Digital World เพื่อเก็บรวบรวมชิ้นส่วน Code Crown และเอาชนะ Bagra Army แต่ Taiki และเพื่อนของเขาไม่ใช่คนเดียวที่ติดอยู่ในสงครามของเหล่ามอนสเตอร์ ...