เนื้อเรื่องมีฉากในช่วงปลายยุคเอโดะ ยุคที่มนุษย์ต่างดาวที่เรียกกันว่า ชาวสวรรค์ ได้มาตั้งรกรากบนโลกมนุษย์ ชาวสวรรค์ได้ออกคำสั่งริบยศถาบรรดาศักดิ์และยึดดาบของซามูไรไป ทำให้ยุครุ่งเรืองของซามูไรได้จบสิ้นลง ชาวสวรรค์ได้มีอำนาจเหนือเอโดะมากยิ่งขึ้น แต่ยังมีคนหนึ่งที่ยังยึดมั่นในจิตวิญญาณของซามูไร เขาชื่อ ซากาตะ กินโทกิ เคยเป็นนักรบซามูไรต่อต้านชาวสวรรค์ ปัจจุบันเปิดร้านรับจ้างสารพัด มีผู้ช่วยคือ ชิมูระ ชินปาจิ หนุ่มแว่นที่ทำงานเพื่อเรียนรู้จิตวิญญาณของซามูไร และคางุระ เด็กหญิงชาวสวรรค์เผ่ายาโตะ ทั้งสามทำงานรับจ้างเพื่อหาเงินมาจ่ายค่าเช่าบ้านและเลี้ยงชีวิตในยุคมืดของซามูไร

นอกจากเรื่องราวการทำงานรับจ้างต่างๆ กินโทกิและลูกน้องยังได้รู้จักกับกลุ่มตำรวจพิเศษติดอาวุธชินเซ็นงุมิ บางครั้งทั้งสองฝ่ายจะทะเลาะกัน บางครั้งจะช่วยเหลือซึ่งกันและกัน เรื่องราวของพวกเขายังมีผู้เกี่ยวข้องอีกหลายคน เช่น คาซึระ โคทาโร่ นักรบขับไล่ต่างแดนซึ่งเป็นเพื่อนของกินโทกิและเป็นอาชญากรมีประกาศจับ ซารุโทบิ อายาเมะ นินจาสาวสายตาสั้นที่หลงรักกินโทกิ เป็นต้น ส่วนตัวละครตัวร้ายของเรื่องคือทากาสุงิ ชินสุเกะ หัวหน้ากลุ่มนักรบขับไล่ต่างแดนที่มีชื่อกลุ่มว่ากองทหารอสุรา เขาเป็นนักรบขับไล่ต่างแดนที่มีหัวรุนแรงกว่าคาซึระ และต้องการจะทำลายเอโดะให้ราบคาบ