ทีวีอะนิเมะดัดแปลงจากตอนที่ 1-3 จากทั้งหมด 5 ตอนจากเกม Phantasy Star Online 2 เนื้อหาการ์ตูนต้นฉบับบางส่วนจะถูกสร้างขึ้นเช่นกัน

ตอนที่ 1: ในระหว่างการตรวจสอบคุณสมบัติของพวกเขาบนดาวเคราะห์ Naberius ผู้เล่นและเพื่อน ARKS ฝึกหัด Afin ถูกโจมตีโดยสิ่งมีชีวิตชั่วช้าที่รู้จักกันในชื่อ Darkers ตามมาด้วยการค้นพบหญิงสาวลึกลับผู้สูญเสียความทรงจำส่วนใหญ่และความจริงเกี่ยวกับ Naberius และกิจกรรมล่าสุดของ Darker

ตอนที่ 2: พล็อตตามผู้เล่นและ Matoi ในขณะที่พวกเขาพยายามที่จะคลี่คลายแผนการที่มืดมิดเกี่ยวกับที่มาและจุดประสงค์ของ ARKS

ตอนที่ 3: การค้นพบดาวเคราะห์ Harukotan นำภารกิจใหม่เข้ามาในการต่อสู้เนื่องจากความสงบระหว่าง Shironian และ Kuronites ที่อาศัยอยู่บนโลกถูกรบกวนจากการโจมตีอย่างกะทันหันของ Kuronites ARKS ที่ได้รับการปรับปรุงใหม่มีหน้าที่ตรวจสอบสาเหตุที่อยู่เบื้องหลังและดูเหมือนว่าความจริงนั้นซับซ้อนและน่ากลัวกว่าที่คาดไว้ ...